化学合成的多肽抗原是小分子， 本身很难具有好的抗原性，只能诱导动物产生很弱的免疫反应，因而与载体蛋白交联是很重要的。载体蛋白含有很多抗原决定基，能够刺激T－帮助细胞，进而诱导 B－细胞反应。用于与多肽交联的载体蛋白有多种，其中最常用的是keyhole limpet hemacyanin (KLH), 牛血清白蛋白（bovine serum albumin，BSA）, 卵清蛋白（ovalbumin，OVA）和牛甲状腺球蛋白（bovine thyroglobulin，THY)。KLH具有更高的抗原性，是最为常用的多肽交联载体。BSA也常用来作为多肽载体，但由于BSA经常被用做检测试验的阻断剂而使得该方法生产的抗体在应用上存在着一定的局限性。 设计合成性多肽常常被忽略的一个方面是如何将多肽交联到载体蛋白上。例如，N－端序列需要通过C－端氨基酸交联，而C－端序列则需要通过N－端氨基酸交联。内部序列则可以交联到任何一端。内部序列交联的另一考量则是将非共轭端酰基化或氨基化，因为原蛋白分子序列中不会含有带电荷的末端。最常用的交联方法都是基于自由氨基(alph-氨基 或 Lys)、sufhydryl (Cys)或羧基集团(Asp, Glu, 或 alpha-羧基)的存在。所有的交联方法都应该是通过羧基或氨基端残基将多肽交联到载体蛋白上。所选序列不能有多个残基都能参与所选交联化学反应。如果多个反应位点存在，可以考虑将多肽序列缩短，或者选择所有反应位点都位于一端的多肽。对于内部序列通常会使用离所预测抗原位点较远的一端进行交联，这样可以避免可能的屏蔽问题。
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